北京中医药大学中药学院具有深厚的学术传承，其前身是北京中医学院中药学系，成立于1958年，是国家最早创办的高等中药学教育院系之一，1995年更名为中药学院。建院之初颜正华、谢海洲、金恩波、李家实、巩国本、毛震东、姜铭锳、曹春林等老一辈杰出的教师先后在中药学院任教，自始树立“继承传统中药、研究现代中药、融合中西药学、创造健康中药”的学术宗旨，经过一代接一代薪火传承，积累了深厚的学术积淀，为中药学的发展培养了大量专门人才和许多领军人物。最近十几年里，中药学院秉承“人心向学，传承创新”理念，以建设世界一流学科为目标，以海纳百川的胸怀汇聚人才，更新办学理念，整合资源，实现了令人瞩目的发展。
中药学院从建校至今共经历过四次搬迁，1958年迁入人民大学海运仓校舍，1973年迁入和平街北口原河北北京师范学院校舍，2001年迁入望京校区，2017年7月整体搬迁至北京中医药大学良乡校区。在北京中医药大学60周年校庆之际，知名校友吴玢先生、曾立品先生等纷纷捐资助力建设“天心楼”和“立品楼”。“天心楼”是依康仁堂的使命“调剂康方、术体天心”而命名；“立品楼”以诠释教育“教书育人、读书立品”而命名，启迪学生“立鹏程之志、品君子之德”。
中药学院1985年成立中药研究所，最早实行院所合一的管理体制，目前设有12个学系（部）、15个研究室（中心）、2个教育部工程研究中心，4个北京市级重点实验室（中心），2个国家中医药管理局重点研究室，4个学术机构以及综合办公室。
中药学院现有全日制在校生2062人，其中博士研究生177人，硕士研究生526人，全日制本科生1359人。
中药学院拥有中药学、中药制药、药学3个本科专业，中药学一级学科硕、博学位授权点（包含中药资源学、中药炮制学、中药鉴定学、中药化学、中药分析学、中药药理学、中药药剂学、临床中药学、民族药学9个二级硕、博学位授权点），药学一级学科硕士学位授权点，设有中药学博士后科研流动站。现有中药学首批国家级重点学科，是国家“211工程”与国家“985”优势学科平台建设项目，2017年入选“世界一流学科”建设行列，截止2017年9月，药理学与毒理学学科进入ESI前1%。
